Zdravá a rozmanitá střevní mikrobiota je důležitá nejen pro trávení, hraje také zásadní roli ve vývoji imunitního systému.
Rozhodující okamžik pro správný vývoj střevní mikrobioty nastává při narození, kdy matka přenáší bakterie ze svého organismu na novorozence. Po narození je pak složení střevní mikrobioty ovlivněno především stravou dítěte (ve formě kojení nebo náhradní kojenecké výživy), ale také prostředím, v němž se pohybují další členové rodiny, sourozenci či domácí mazlíčci.
Narušení střevní mikrobioty v tomto kritickém období, například následkem užívání antibiotik, se může projevit v pozdějším životě, např. zvýšeným rizikem alergií, astmatu nebo problémů s hmotností. V této souvislosti se zdá být obzvlášť důležité podporovat rozvoj zdravé střevní mikrobioty již v raném věku.